Gegenwärtig gibt es keine einheitliche Handhabung bei naturschutzfachlich begründeten nachträglichen Beschränkungen von BImSch-Genehmigungen. Der Problematik liegt der Fall zugrunde, dass eine genehmigte und in Betrieb befindliche Anlage abzuschalten oder nur eingeschränkt betrieben werden darf, weil sich eine streng geschützte Tierart, beispielsweise die Wiesenweihe, in unmittelbarer Nähe angesiedelt hat. Das Verwaltungsrecht bietet grundsätzlich zwei Ansätze: so können nachträgliche Beschränkungen sowohl gemäß § 3 Absatz 2 BNatSchG, also der naturschutzrechtlichen Generalklausel, oder nach § 17 BImSchG, der immissionsschutzrechtlichen Eingriffsnorm, getroffen werden.Der wesentliche Unterschied liegt darin, dass eine nachträgliche Anordnung nach BImSchG eine Entschädigung nach sich zieht (vgl. §§ 17 Abs. 2 S. 2 i.V.m. § 21 Abs. 4 BImSchG), was bei einem Eingreifen nach BNatSchG hingegen nicht der Fall ist. Für Vorhabenträger hat die Anwendung der einen oder anderen Norm daher eine ganz erhebliche Bedeutung. Die Verwaltungsgerichte haben bezüglich der Anwendbarkeit der Normen noch keine einheitliche Linie gefunden. Fest steht, dass grundsätzlich die Zuständigkeit der Immissionsschutzbehörde mit Erteilung der Genehmigung endet und dass dann die Fachbehörden (z. B. für den Naturschutz die untere Naturschutzbehörde) zuständig sind. Diese Zuständigkeitsverteilung gilt grundsätzlich auch für den Fall, dass die genehmigte Anlage nachträglich zu einer Beeinträchtigung von Schutzgütern führt. Abweichend davon bleibt die BImSch-Behörde aber für immissionsbezogene nachträgliche Anordnungen zuständig, soweit das im BImSchG vorgesehen ist. Da das BImSchG eine spezialgesetzliche Regelung für nachträgliche Beschränkungen beinhaltet, sprechen gute Gründe für eine Anwendbarkeit der immissionsschutzrechtlichen Eingriffsnorm. Es ist zu erwarten, dass die Behörden – nicht zuletzt zur Schonung der eigenen Finanzen – zu einer Anwendung der Eingriffsnorm nach dem BNatSchG tendieren, denn danach müssen Einbußen nicht ersetzt werden. Wer von einer solchen nachträglichen Anordnung betroffen ist, sollte daher unbedingt gegen die Anordnung vorgehen.